У меня была аналогичная проблема и с доменом cookie:
ini_set('session.cookie_domain', '.domain.com');
домен был настроен неправильно, поэтому все сеансы были проигнорированы, потому что пользовательский файл cookie никогда не устанавливался правильно, надеюсь, что это поможет кому-то.