Git не игнорирует пустые каталоги. Он игнорирует все каталоги. В Git каталоги существуют только неявно, через их содержимое. В каталогах emtpy нет содержимого , поэтому их не существует.
Или иначе: Git - это трекер контента. Пустые каталоги не довольны.
Это может помочь для Вас считать приблизительно репозитории Ubuntu . Некоторые пакеты полностью поддерживаются ("основной", "ограничил" repos); некоторые пакеты не ("вселенная", "мультивселенная"). Кроме того, читайте раздел Ubuntu Updates . Обновления, прежде всего, используются для того, чтобы устранить уязвимости системы обеспечения безопасности и серьезные ошибки. Может случиться так, что пакеты, которые Вы видите обновленный, имеют больше уязвимостей/ошибок, чем те, Вы не видите обновленный.
уровень обновлений также зависит от того, как быстро уязвимости/ошибки фиксируются в восходящей кодовой базе и приоритете, который пакет дан в рамках Ubuntu. Например, так как Единица является основным рабочим столом Ubuntu, и это - относительно новый проект (по сравнению с, например, XFCE), Вы будете, вероятно, видеть больше Связанных с единицей обновлений, чем обновления для других менеджеров окон.