Как Вы откатываете к ранее развернутой версии с capistrano?

Примечание: не коррелирует с управлением версиями и даже с C ++

Это проблема проблемы с несколькими ОС EOL (Win | * Nix) и визуализация нестандартного EOL ^M ( действительно такая строка ) в CRLF в мире чистого CR и Linux | Mac GUIs

Пример для opengl.hpp ( из вашего образца repo): первые строки

/*M///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
//

с правильной рендерингом

/*
///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
//

, и все глюки являются результатом уродливой настройки core.CRLF в Git автора (или игнорирование это вообще)