Как я должен избавиться от Ответвлений TFS правильно?

Библиотека difflib полезна для этого и входит в стандартную библиотеку. Мне нравится унифицированный формат diff.

http://docs.python.org/2/library/difflib.html#difflib.unified_diff

import difflib
import sys

with open('/tmp/hosts0', 'r') as hosts0:
    with open('/tmp/hosts1', 'r') as hosts1:
        diff = difflib.unified_diff(
            hosts0.readlines(),
            hosts1.readlines(),
            fromfile='hosts0',
            tofile='hosts1',
        )
        for line in diff:
            sys.stdout.write(line)

Выходы:

--- hosts0
+++ hosts1
@@ -1,5 +1,4 @@
 one
 two
-dogs
 three

И вот хитроумная версия, которая игнорирует определенные строки. Там могут быть крайние случаи, которые не работают, и, конечно, есть более эффективные способы сделать это, но, возможно, это будет достаточно для ваших целей.

import difflib
import sys

with open('/tmp/hosts0', 'r') as hosts0:
    with open('/tmp/hosts1', 'r') as hosts1:
        diff = difflib.unified_diff(
            hosts0.readlines(),
            hosts1.readlines(),
            fromfile='hosts0',
            tofile='hosts1',
            n=0,
        )
        for line in diff:
            for prefix in ('---', '+++', '@@'):
                if line.startswith(prefix):
                    break
            else:
                sys.stdout.write(line[1:])