SQLAlchemy получают первичный ключ с автоинкрементом перед фиксацией

Вам не нужно к commit, Вам просто нужно к flush. Вот некоторый пример кода. После вызова к сброс можно получить доступ к первичному ключу, который был присвоен. Обратите внимание, что это с SQLAlchemy v1.3.6 и Python 3.7.4.

from sqlalchemy import *
import sqlalchemy.ext.declarative

Base = sqlalchemy.ext.declarative.declarative_base()

class User(Base):
    __tablename__ = 'user'
    user_id = Column('user_id', Integer, primary_key=True)
    name = Column('name', String)

if __name__ == '__main__':
    import unittest
    from sqlalchemy.orm import *
    import datetime

    class Blah(unittest.TestCase):
        def setUp(self):
            self.engine = create_engine('sqlite:///:memory:', echo=True)
            self.sessionmaker = scoped_session(sessionmaker(bind=self.engine))
            Base.metadata.bind = self.engine
            Base.metadata.create_all()
            self.now = datetime.datetime.now()

        def test_pkid(self):
            user = User(name="Joe")
            session = self.sessionmaker()
            session.add(user)
            session.flush()
            print('user_id', user.user_id)
            session.commit()
            session.close()

    unittest.main()

Можно использовать несколько транзакций и управлять им в объеме.