Cygwin совершают ошибку: целевой шаблон *** не содержит '%'

Каждый открытый файл имеет связанную позицию. Когда вы читаете (), вы читаете с этой позиции. Например, read(10) считывает первые 10 байт из вновь открытого файла, затем другой read(10) считывает следующие 10 байтов. read() без аргументов считывает все содержимое файла, оставляя позицию файла в конце файла. В следующий раз, когда вы вызываете read(), читать нечего.

Вы можете использовать seek для перемещения позиции файла. Или, вероятно, лучше в вашем случае было бы сделать один read() и сохранить результат для обоих поисков.