Если Ваше приложение является проектом веб-приложения, а не проектом веб-сайта, файлы кода не должны быть в папке App_Code (глупый дизайн, я знаю). Создайте новую папку, названную кодом или чем-то, и поместите их там.
Это вызвало меня все виды проблем, когда я обновил набор старых.Net веб-сайтов к проектам приложения.
Я иногда замечал несоответствие между синтаксическим анализатором IDE и компилятором каждый раз, когда ошибка времени компиляции происходит в блоке, на который ссылаются, или файле кода. При том обстоятельстве IDE правильно определит типы и окажет полную поддержку для них, но так как компилятор был неспособен создать ссылочные объекты, это будет жаловаться, что ссылочные объекты не существуют.
Теперь я не хочу идти, обвиняя кого-либо из anything—, это - просто guess—, но необходимо, вероятно, удостовериться, что в файле кода, на который ссылаются нет никаких ошибок.
В зависимости от того, как Вы публикуете сайт, это не посмотрит в App_Code, это будет искать DLL в папке Bin, которая содержит класс вместо этого. Как Вы передавали свой веб-сайт серверу?