Способ выбрать проект запуска описан в блог Sara Ford "Совет дня Visual Studio " (настоятельно рекомендованный). У нее есть сообщение там приблизительно установка проектов StartUp . По существу существует 2 пути, при этом самый легкий - щелкающий правой кнопкой по желаемому проекту, и выбор "Set As StartUp Project". Это препятствует другим проектам стать проектом StartUp даже при нажатии на их файлы.
Проверьте свои опции Visual Studio на следующий флажок:
Проекты и Решения - Сборка и Выполнение - Для новых решений используют в настоящее время выбираемый проект в качестве проекта запуска.
Снятие флажка это и видит, изменяется ли поведение.