Действительно ли там какой-либо IIS эквивалентен Tomcat?

Как уже указывал Майк Соколов, одной из возможных причин является наличие некоторого символа / s (например, пробела) перед тегом.

Если ваш входной XML читается как String (в отличие от байтового массива), вы можете использовать замену своей строки ввода с помощью приведенного ниже кода, чтобы убедиться, что все «ненужные» символы перед тегом xml стираются.

inputXML=inputXML.substring(inputXML.indexOf("<?xml"));

Вы необходимо убедиться, что входной XML-файл начинается с тега xml.