Как я могу рекурсивно скопировать файлы определенного шаблона в единственную плоскую папку в Windows?

Я не знаю ни о каких инструментах командной строки, которые делают это непосредственно, но Вы могли создать сценарий пакетной обработки, чтобы циклично выполниться через sub папки и скопировать файлы, в которых Вы нуждаетесь.

Однако можно закончить с файлами с дублирующимися именами файлов при размещении их всех в ту же папку.