Можно безопасно удалить файлы кэша WSDL. Если Вы хотите предотвратить будущее кэширование, используйте:
ini_set("soap.wsdl_cache_enabled", 0);
или динамично:
$client = new SoapClient('http://somewhere.com/?wsdl', array('cache_wsdl' => WSDL_CACHE_NONE) );