Раздел system.web для конфигурирования IIS 6.0, в то время как system.webserver версия используется для конфигурирования IIS 7.0. IIS 7.0 включает новый конвейер ASP.NET и некоторые различия в конфигурации, следовательно дополнительные разделы конфигурации.
Однако...
при выполнении IIS 7.0 в интегрированном режиме только Вы не должны должны быть добавлять обработчики к обоим разделам. Добавление его к system.web также является нейтрализацией для IIS 7.0, работающего в классическом режиме, если я не ошибаюсь. Я не сделал обширного тестирования на этом.
См. http://msdn.microsoft.com/en-us/library/bb763179.aspx для получения дополнительной информации.
Первый для Классического Режима.
последний для Интегрированного Конвейерного Режима (доступен в IIS7 +).