Как я имею дело с символами кавычки при использовании cmd.exe

А-ч. doh. Думайте, что я ответил на свой собственный вопрос.

, Если Вы используете/S и обертываете все это в кавычки, он просто удаляет те внешние кавычки.

cmd.exe /S /C " do what you like here, quotes within the outermost quotes will be preserved "