Проверьте, не исключены ли случайно некоторые исходные файлы. Сделайте свойства решения и посмотрите на раздел Debug Source Files в разделе Common Properties.
Проверьте, имеют ли Ваши проекты ссылку проекта, не ссылку DLL! Если там будет существовать ссылка DLL, то Ваши изменения не будут распознаны Вашим ссылочным проектом, и Вы получите сообщение об ошибке как Ваше.
У меня была та же проблема, Она показала мне, что ошибка находится на AjaxControlToolkit, но проблема была в моем синтаксисе HTML, особенно в теге Div, я помещал только близкий тег '' без открывающего тэга
Если вы не хотите отлаживать сборку .NET, быстрое решение, позволяющее избежать проблемы «Нет источника, доступного в текущем местоположении», заключается в снятии флажка «Требовать, чтобы исходные файлы точно соответствовали исходной версии» в разделе «Инструмент» -> «Параметры». -> Отладка -> Общие