Как я передаю параметры файлу банки во время выполнения?

Передать аргументы банке:

java -jar myjar.jar one two

можно получить доступ к ним в основном () метод "Основного Класса" (упомянутый в manifest.mf файл JAR).

String one = args[0];  
String two = args[1];  

в Документации JAVA говорится :

Java [опции] - банка file.jar [аргумент...]

и

... Аргументы неопции после имени класса или имени файла JAR передаются основной функции...

, Возможно, необходимо поместить аргументы в одинарные кавычки.