Как skaffman говорит, используйте - где опция:
mysqldump --opt --where="1 limit 1000000" database
Конечно, это дало бы Вам первый миллион строк от каждой таблицы.
mysqldump можно дать SQL-запрос для выполнения, из которого он возьмет данные для дампа. Можно затем использовать "предел X" пунктов в запросе для ограничения количества строк.