Со сканированиями, как Вы связываетесь с предварительно созданными библиотеками?

Только для документирования ответа, когда я уже определил местоположение его сам.

Program( 'foo', ['foo.cpp'], LIBS=['foo'], LIBPATH='.' )

Добавление параметров LIBS & LIBPATH добавляет корректные аргументы командной строке сборки.

Больше информации здесь.