Из описания вашего вопроса я постараюсь дать ответ в меру своих возможностей. Кажется, у нас есть несколько файлов на каждом шаге. Я предлагаю использовать внешний цикл for с функцией внутреннего применения, которую вы можете использовать для чтения и выполнения желаемых преобразований.

initial_dir <- "directory to the folder with the initial data"
data_dir <- "directory to the folder containing the secondary data"

file_names <- c("lots of file names") #1: Insert any number of files here from which to read numbers for the bed_chr_[nr].bed files here
#loop over the initial files
for(i in file_names){
  file <- paste0(initial_dir,"/", i)
  x <- fread(file, header = TRUE)
  #combine secondary path and name 
  secondary_files <- paste0(data_dir,"/bed_chr_", unique(x[, [Insert the column for which the value for the bed_chr_[nr].bed files are in the intitial variable here <--]), ".bed")  #2: insert column name (note i added unique)
  #Apply the desired transformation
  xx <- lapply(secondary_files, function(z){ #lapply will apply the 'function' to each element in 'secondary_files'.
      b <- fread(z) 
      data.table( #apply the transformation and return a table to the list
        x %>% 
          inner_join(b, by = c("rs_id" = "V4")) %>%
          select(gene_id, chr, rs_id, pvalue_G, pvalue_E, V2, V3) %>%
          unite(snp, chr, V3, remove = FALSE)
       )
    }) #after the lapply has run xx contains all the tables from the bed_chr_[numbers].bed files. All will have been read.
  #xx is now a list that contains all the table after applying 
  #We can combine them using data.tables 'rbindlist'
  x_final <- rbindlist(xx)
  #now we can use data.tables 'fwrite' to output the table to a file
  names(x_final)[6] <- "pvalue"
  fwrite(x_final, "ready_plot_sg.txt", quote = "F", col.names = TRUE, row.names = FALSE) #here all the bed_chr_[numbers].bed files will be output into a single combined file
}

Примечания: я использовал paste0 вместо paste. Они обе объединяют строки в R, разница в том, что paste0 имеет стандартный аргумент sep = "", где paste вставляет пробел по умолчанию lapply применяет функцию к списку, вектору или аналогичному и выводит результат в виде список. Можно использовать также vapply или sapply, но это не обязательно даст вам список результатов, который в этом случае желателен для использования rbindlist без каких-либо дополнительных параметров. В целях моего примера я предположил, что в вашей трансформации b не было ошибок.

::: Edit ::: Из нового фрагмента, добавленного опрашивающим, я в специальном случае перепишу опубликованный мною код, чтобы показать, как они должны были быть объединены:

require(dplyr);library(data.table);require(magrittr); require(tidyr)
initial_dir <- "" #The base directory in 'edit' was none ("merged_plot_RGL" is in working directory)
data_dir <- "anika/bed"

file_names <- c("merged_plot_RGL") #1: I inserted the merged_plot_RGL, as this contains the labels for the 'bed' files.
#Note: This loop is now redundant as we only have 1 file. But for illustration it was kept (i will only take on 'merged_plot_RGL' as a value)
for(i in file_names){
  file <- i #2: Sets current file to merged_plot_RGL. paste0 removed as intial_dir was empty ("")
  x <- fread(file, header = TRUE)  #3: loads in merged_plot_RGL as a data.table
  #4: combine secondary path and name (Note: I extract the number from x's chr column)
  secondary_files <- paste0(data_dir,"/bed_chr_", unique(x[, chr]), ".bed")  
  #5: Apply the desired transformation via lapply (Note: xx becomes a list of transformed data from the bed files)
  xx <- lapply(secondary_files, function(z){ 
      b <- fread(z) #5.1: First read in the .bed file (done 1 by 1)
      data.table( #5.2: apply the transformation and return a table to the list
        x %>% 
          inner_join(b, by = c("rs_id" = "V4")) %>% #Note: Questioneers error came
          select(gene_id, chr, rs_id, pvalue_G, pvalue_E, V2, V3) %>%
          unite(snp, chr, V3, remove = FALSE)
       )
    }) 
  #Note: After the lapply has run, and read in each .bed file, xx is now a list of .bed data tables that have been transformed by inner join, select and unite.
  #6: We can combine them using data.tables 'rbindlist'
  x_final <- rbindlist(xx)
  #7: now we can use data.tables 'fwrite' to output the table to a file
  names(x_final)[6] <- "pvalue"
  fwrite(x_final, "ready_plot_sg.txt", quote = "F", col.names = TRUE, row.names = FALSE) 
}

require(dplyr);library(data.table);require(magrittr); require(tidyr)
data_dir <- "anika/bed"

file_names <- c("merged_plot_RGL") 
x <- fread("merged_plot_RGL", header = TRUE)  
secondary_files <- paste0(data_dir,"/bed_chr_", unique(x[, chr]), ".bed")  
bed_files <- lapply(secondary_files, fread)
xx <- rbindlist(bed_files)
xx2 <- x %>%
  inner_join(xx, by = c("rs_id" = "V4")) 
xx3 <- xx2 %>% 
  select(gene_id, chr, rs_id, pvalue_G, pvalue_E, V2, V3) 
xx4 <- xx3 %>%
  unite(snp, chr, V3, remove = FALSE)
names(xx4)[6] <- "pvalue"
fwrite(xx4, "ready_plot_sg.txt", quote = "F", col.names = TRUE, row.names = FALSE)