IndexOutOfRangeException на Queryable. Единственный

Рекомендую создать список точек. Каждый элемент списка представляет собой кортеж с координатами x и y точки:

points = []
for i in range(p):
    t = 2 * mt.pi * i / p

    x = r * mt.cos(t)
    y = r * mt.sin(t)

    points.append((x, y))

или

points = [(r*mt.cos(t), r*mt.sin(t)) for t in [2*mt.pi * i/p for i in range(p)]]

Линии от каждой точки до каждой другой точки можно нарисовать в 2 вложенных цикла. Каждая петля пересекает весь список точек:

glLineWidth(2.0)
glBegin(GL_LINES)
glColor3f(0.0, 1.0, 0.0)
for pt1 in points:
    for pt2 in points:
        glVertex2f(*pt1)
        glVertex2f(*pt2)
glEnd()

Нарисуйте точки сверху линий в одном цикле:

glPointSize(7.0)
glBegin(GL_POINTS)
glColor3f(1.0, 0.0, 0.0)
for pt in points:
    glVertex2f(*pt)
glEnd()

Примечание, glLineWidth [ 116] задают ширину растровых линий, а glPointSize задают диаметр растеризованных точек.