Как я подтверждаю, что окно браузера открыто с JavaScript?

Прежде всего, вы хотите немного изменить массив замены, чтобы вы могли легко заменить текст правильной ссылкой. Затем вы можете использовать strtr().

foreach ($replacement as $orig => $sub) {
    $replacement[$orig] = '<a href="'.$sub.'">'.$orig.'</a>';
}

/* So now $replacement looks like this:
array(3) {
    ["another example"]=>
        string(56) "<a href="http://another-example.com">another example</a>"
    ["examples"]=>
        string(42) "<a href="http://examples.com">examples</a>"
    ["example"]=>
        string(40) "<a href="http://example.com">example</a>"
}
*/

$content = strtr($content, $replacement);

РЕДАКТИРОВАТЬ:

Если вы хотите точные совпадения слов, вам понадобятся регулярные выражения. Вот как я бы попытался это сделать:

$content = "Two examples are the combination of an example and another example.";

$replacement = array(
    'another example' => 'http://another-example.com',
    'examples' => 'http://examples.com',
    'example' => 'http://example.com',
);
$new_replacement = array();

foreach ($replacement as $orig => $sub) {
    $new_replacement['/\b'.$orig.'\b/'] = '<a href="'.$sub.'">'.$orig.'</a>';
}

$orig = array_keys($new_replacement);
$sub = array_values($new_replacement);

$content = preg_replace($orig, $sub, $content, 1);

echo $content;