Как Вы программно переупорядочиваете детей подкласса ATFolder?

Django не дает никаких гарантий относительно того, каким будет часовой пояс ваших datetime в коде Python. Это потому, что 1) часовые пояса в основном имеют отношение к взаимодействию с пользователем (именно поэтому activate() влияет на формы и шаблоны) и 2) операции сравнения Python учитывают часовой пояс, поэтому конкретный часовой пояс не влияет на результат.

Конечно, одна операция, которая не учитывает часовой пояс, - это извлечение времени из даты и времени и сравнение его с другим временем. Поэтому вы должны вручную преобразовать дату и время в правильный часовой пояс. У вас была правильная идея, но replace() это неправильный способ сделать это. (Вместо того, чтобы просто преобразовать в другой часовой пояс, он изменяет фактический момент времени.)

Вместо этого сделайте следующее:

from django.utils.timezone import localtime

if localtime(instance.date_time).time() < instance.interval.from_time:
    pass