Запись в FileStream ведет себя странно, как наблюдается монитором процесса

Это была не корневая учетная запись без пароля. Это был один с паролем по умолчанию. mysql просто прочитайте его автоматически из папки /etc/my.cnf.d/

[client]
socket   = /var/lib/mysql/mysql.sock
host     = localhost
user     = root
password = ...

Для отладки mysql поведения CLI и поведения Python MySQLdb вы можете запустить

mysql --no-defaults

, который уже воспроизвел поведение для меня, поэтому я продолжил:

mysql --no-defaults --socket=/var/lib/mysql/mysql.sock
mysql --no-defaults --socket=/var/lib/mysql/mysql.sock --user=root

затем пришла идея покопаться глубже в папку /etc/my.cnf.d/.