Вы должны вернуть все столбцы, необходимые для построения Comarca. Так что вам придется присоединиться к столу.
Поскольку не предоставил таблицы, я могу только догадываться:
@Query(value = "SELECT DISTINCT * FROM comarca c " +
"JOIN debito_negativacao d ON d.comarca_id = c.id "+
"WHERE d.debito_negativacao.status= :status", nativeQuery = true)
List<Comarca> findDistinctComarcaIdByStatus(@Param("status") String status);
Безопасно передать htpasswd файл, какая архитектура Вы идете. Это - текстовый файл. Единственный случай, в котором Вы, возможно, должны были бы сделать некоторые преобразования, должен иметь дело с окончаниями строки, если бы Вы перемещались между Unix и Windows, но между полями Linux/Unix, никакими проблемами.
Если Вы используете апача, то .htpasswd файл должен быть тем же. Просто удостоверьтесь, что Вы не переопределяете файл паролей для использования в новой конфигурации сервера. И удостоверьтесь, что Вы устанавливаете верные полномочия на файле так, чтобы Вы не получали дополнительных несанкционированных записей.
При использовании той же апачской версии, у Вас не должно быть проблем, просто копируя .htpasswd файлы: Они просто содержат хеши, по сравнению с которыми пароли людей, и хеширование всегда является тем же (или оно не работало бы ни над какой машиной ;))