Почему 'это' в примерах Платформы и EntityDataSource Объекта?

Для этого попробуйте использовать dplyr. В основном мы можем просто сгруппировать по ID и DRUG. Для этой сгруппированной комбинации найдите первое DATE вхождение, используя min(). Затем, если дата после этого первого вхождения, то это повторение.

library(dplyr)

mydata %>%
  group_by(ID, DRUG) %>%
  mutate(FIRST_OCCURANCE = min(DATE),
         EXIST_BEFORE = DATE > FIRST_OCCURANCE)

      ID DATE       DRUG  EXIST_BEFORE FIRST_OCCURANCE
   <int> <date>     <chr> <lgl>        <date>         
 1     1 2001-01-01 A     FALSE        2001-01-01     
 2     1 2001-02-01 A     TRUE         2001-01-01     
 3     1 2001-03-15 B     FALSE        2001-03-15     
 4     1 2001-04-20 C     FALSE        2001-04-20     
 5     1 2001-05-29 A     TRUE         2001-01-01     
 6     1 2001-05-02 B     TRUE         2001-03-15     
 7     2 2001-03-02 A     FALSE        2001-03-02     
 8     2 2001-03-23 C     FALSE        2001-03-23     
 9     2 2001-04-04 D     FALSE        2001-04-04     
10     2 2001-05-05 B     FALSE        2001-05-05

Я разбил его на две переменные, чтобы показать, что происходит, но вы также можете уменьшить строку mutate() просто до:

mutate(EXIST_BEFORE = DATE > min(DATE))