.net 3.5 SP1 Bootstrapper, не найденный для Установки

Вы не можете менять стили программно. Вы можете либо заменить их новым экземпляром (вы можете указать стили только в конструкторе), либо использовать его с новой темой, поскольку тему можно менять программно. Тема