Разница может возникать из-за:
быть просто неправильной архитектурой приложения.
Вы могли бы проверить DBDesigner...
Теперь известный как MySQL Workbench
Я имел некоторый успех с помощью двух коммерческих (но относительно дешевый!) инструменты - но я все еще не нашел действительно твердых с открытым исходным кодом после месяцев взгляда.
Мое понимание - то, что MySQL Workbench все еще находится в процессе активного развития, но они барабанили в него в течение долгого времени, действительно не оборачивая его. Возможно теперь, когда Sun владеет ими, они соберут его.
SchemaCrawler - это бесплатный инструмент с открытым исходным кодом, который может генерировать диаграммы ER с помощью GraphViz. Вы можете использовать регулярные выражения для выбора таблиц и столбцов, которые хотите отобразить. Отношения выводятся из обычно используемых соглашений об именах.