Запустите приложение для GUI VB.NET с помощью Основного Sub или объект запуска формы?

Нет, если Вы всегда хотите показать ту форму.
Да, если Вы иногда хотите использовать свое приложение без GUI, просто с помощью командной строки.

Да, и я сделал это несколько раз.

Одна причина, что, если Вашим приложением является EXE COM (говорящий теперь с точки зрения VB6) затем, Вы хотите смочь обнаружить, в каком контексте EXE называют (быть запущенным или говорившей с некоторым другим приложением).

Например:

Sub Main()
    If App.StartMode = vbSModeAutomation Then
        ...
    Else
        ...
    End If
End Sub

Другой - то, если Вы хотите, чтобы Ваше приложение смогло обработать какие-либо параметры командной строки.

Например:

Sub Main()
    If App.PrevInstance Then End
    If InStr(Command, "/s") > 0 Then
        Form1.Show
    ElseIf InStr(Command, "/p") > 0 Then
        LoadPicture ("c:\windows\Zapotec.bmp")
    End If
End Sub

(от одной из моих попыток сделать экранную заставку)

Можно сделать это так или иначе, но необходимо действительно только сохранить код в форме, которая непосредственно связана с операциями и элементами пользовательского интерфейса на той форме. Код запуска приложения не связан с UI, обычно касавшимся экранов-заставок, проверив сетевое соединение, проверив единственный экземпляр только, настроив пользовательские параметры конфигурации, и так далее.

После того, как вышеупомянутые объекты (или соответствующий код инициализации для Вашего приложения) завершены, Основной Sub может создать экземпляр основной формы, затем показать его так, пользователь может начать взаимодействовать с Вашим приложением.

Это разделяет код запуска от Вашего кода формы. Позже при поддержании приложения Вы будете радоваться, что разделили два.