Как я нахожу все пути через ряд данного узлы в DAG?

Вот простой способ - просто измените новое, чтобы оно выглядело как старое:

Обратите внимание, это было отредактировано для использования CTE, так как у вас был подзапрос с подсчетом.

WITH flagevent_comb as (
   SELECT user, country, COUNT(DISTINCT country) as cnt
   FROM (
     SELECT user, country1 AS country FROM flagevent WHERE country1 IS NOT NULL
     UNION ALL
     SELECT user, country2 AS country FROM flagevent WHERE country2 IS NOT NULL  
   ) x
   GROUP BY user, country
)
SELECT f.cnt as totalflags,
    GROUP_CONCAT(DISTINCT(country) ORDER BY c.name) AS allcountries,
    f.user, u.username
FROM flagevent_comb AS f
INNER JOIN country AS c ON f.country = c.code
INNER JOIN user AS u ON f.user = u.id
WHERE f.user = 1
    OR f.user in (1, 2, 3)
GROUP BY user
ORDER BY totalflags DESC;

Обратите внимание, что вам, возможно, придется усложнить подзапрос. Например, если иногда страна1 или страна2 равны нулю, это, вероятно, будет лучше.

   SELECT user, country1 AS country FROM flagevent WHERE country1 IS NOT NULL
   UNION ALL
   SELECT user, country2 AS country FROM flagevent WHERE country2 IS NOT NULL

Могут применяться и другие бизнес-правила.