Преимущества CLI PHP?

Вы можете добавить alpha = 0.5 к своему выражению geom_bar(), чтобы сделать столбики прозрачными. Это позволит увидеть оба бара. Добавление этого оператора alpha и ничего больше не даст того, что вы ищете, чтобы сделать видимыми обе накладные полосы. Цвета, однако, затрудняют просмотр двух разных полос.

Другой (и, возможно, лучший) вариант - изменить порядок создания графика. Если я правильно помню, ggplot построит столбцы в алфавитном или числовом или факторном порядке. Здесь ваши значения expression равны c("Down", "Up"), а сначала отображается "Down". Если вы заставите "Up" быть нанесенным в первую очередь, вы также можете решить эту проблему.

library(dplyr)
library(ggplot2)

dat <- 
  read.table(text = "condition hours expression freq_genes
1      tofde     9         up         27
2      tofde    12         up         92
3      tofde    15         up        628
17     tofde     9       down          0
18     tofde    12       down          1
19     tofde    15       down          0
33      tofp     9         up       2462
34      tofp    12         up        786
35      tofp    15         up        298
49      tofp     9       down        651
50      tofp    12       down        982
51      tofp    15       down       1034
65       tos     0         up         27
66       tos     3         up        123
67       tos     6         up        752
81       tos     0       down          1
82       tos     3       down         98
83       tos     6       down        594") %>%
  mutate(expression2 = ifelse(expression == "up", 1, 2))

dat %>%
ggplot(aes(x = hours, y = freq_genes, group = condition, 
           fill = factor(expression2, labels=c("Up", "Down")))) +
  labs(fill="Expression") + 
  geom_bar(stat = "identity", position = "dodge", width = 2.5, alpha = 0.5) + 
  scale_fill_manual(values=c("#9ecae1", "#3182bd")) + 
  xlab("Time (Hours)") + 
  scale_x_continuous(breaks = seq(min(dat$freq_genes), 
                                  max(dat$freq_genes),
                                  by = 3)) + 
  ylab("Gene Frequency") + 
  facet_grid(. ~ condition, scales = "free") + 
  theme_bw() + 
  theme(panel.grid.major = element_blank(), 
        panel.grid.minor = element_blank(), 
        legend.position = "bottom", 
        axis.text.x = element_text(angle = 90))

Здесь я создал новый столбец под названием expression2, который является просто числовой версией expression. Я изменил переменную fill в aes(), чтобы она соответствовала этим новым меткам. Я оставил цвета в scale_fill_manual() так же, как в вашем первоначальном утверждении, и сохранил значение alpha. «Вниз» наносится поверх «Вверх», но, сохраняя одинаковые цвета со значением alpha, обе полосы легче увидеть. Вы можете поиграть с легендой, чтобы отобразить «Вниз» перед «Вверх», если это необходимо.

Обратите внимание, что предоставление машиночитаемых данных имеет большое значение, позволяя другим помочь вам. Попробуйте использовать dput() для вывода ваших данных в следующий раз, а не вставлять их. Также обратите внимание, что вы можете «связать» вместе ggplot() операторы с +. Это делает код намного компактнее и легче для чтения.