Как я могу заставить PHP использовать тот же кэш APC при вызове на CLI и сеть?

Это поможет вам определить, какие записи вам нужны, чтобы получить уникальный список.

select ',' + Column_Name
from INFORMATION_SCHEMA.COLUMNS c2
where column_Name not in (
                        select COLUMN_NAME
                        from INFORMATION_SCHEMA.COLUMNS
                        where TABLE_NAME = 'table1')
and table_Name = 'Table2'

Так что вы можете смело сказать:

Select table1.*
    <<Paste in your results from above here>>  
INTO NewTable  
FROM Table1  
LEFT JOIN Table2  
ON    
    Table1.Key1 = Table2.Key1 
AND Table1.Key2 = Table2.Key2