Что является лучшим способом определить, на самом деле ли окно видимо в WPF

Вы не можете хотеть полагаться, затруднено ли окно, поскольку существует много факторов, которые могут изменить размер окна, установку, и т.д. и все они набрасываются на функции доступности, которые добавляют еще больше сложностей.

Вместо этого можно хотеть проверить, фокусируется ли окно. Это - то, как MSN Messenger знает, высветиться ли оранжевый в панели задач; это запускает уведомление и если это не фокусируется, вспышки панели задач.