Скройте форму в запуске

Существует простой способ, если Ваша программа имеет сгенерированный файл Visual Studio по умолчанию Program.cs:

[STAThread]
static void Main()
{
    Application.EnableVisualStyles ();
    Application.SetCompatibleTextRenderingDefault (false);
    Application.Run (new MainForm ());
}

очевидный факт вызова Run будет, действительно сделать форму видимой. Попытайтесь делать следующее в свойствах Вашей формы:

1. Набор WindowState кому: Minimized
2. Набор ShowInTaskbar кому: false

Это должно добиться цели!

Не называйте Шоу или ShowDialog на Вашей форме, у Вас может быть свое Приложение. Выполненная цель пользовательский класс, который затем инстанцирует формы и не показывает или создает экземпляр NotifyIcon и обрабатывает все оттуда.

Можно также поместить this.hide = верный в form_shown событии. Я полагаю, что событие запущено однажды только и после события загрузки. Вы могли бы видеть, что alittle мерцал, хотя, если Ваша форма имеет много средств управления и/или компьютера, является медленным.

Если Ваша программа не требует, чтобы форма работала, то лучший метод не должен иметь формы вообще.
Установите свой NotifyIcon в коде Программы и введите цикл, пока Вы не захотите выйти из программы путем устанавливания некоторого значения или вызова некоторого метода.
В этой установке в качестве примера UserExitCalled к истинному (Program.UserExitCalled = true) заставит программу выходить.

Вот краткий пример:

static class Program {
    internal static Boolean UserExitCalled;

    /// <summary>
    /// The main entry point for the application.
    /// </summary>
    [STAThread]
    static void Main() {
        Application.EnableVisualStyles();
        Application.SetCompatibleTextRenderingDefault(false);

        // Setup your tray icon here

        while (!UserExitCalled) {
            Application.DoEvents(); // Process windows messages
            Thread.Sleep(1);
        }

        return;
    }
}

Здесь полный класс программы из одного из моих приложений системного лотка как рабочий пример.

// *********************************************************************
// [DCOM Productions .NET]
// [DPDN], [Visual Studio Launcher]
//
//   THIS FILE IS PROVIDED "AS-IS" WITHOUT ANY WARRANTY OF ANY KIND. ANY
//   MODIFICATIONS TO THIS FILE IN ANY WAY ARE YOUR SOLE RESPONSIBILITY.
//
// [Copyright (C) DCOM Productions .NET  All rights reserved.]
// *********************************************************************

namespace VisualStudioLauncher
{
    using System;
    using System.Collections.Generic;
    using System.Linq;
    using System.Windows.Forms;
    using System.Threading;
    using VisualStudioLauncher.Common.Objects;
    using VisualStudioLauncher.Forms;
    using System.Drawing;
    using VisualStudioLauncher.Common.Data;
    using System.IO;

    static class Program
    {
        #region Properties

        private static ProjectLocationList m_ProjectLocationList;
        /// <summary>
        /// Gets or Sets the ProjectsLocationList
        /// </summary>
        public static ProjectLocationList ProjectLocationList
        {
            get
            {
                return m_ProjectLocationList;
            }

            set
            {
                m_ProjectLocationList = value;
            }
        }

        private static ShellProcessList m_ShellProcessList = null;
        /// <summary>
        /// Gets or Sets the ShellProcessList
        /// </summary>
        public static ShellProcessList ShellProcessList
        {
            get
            {
                return m_ShellProcessList;
            }

            set
            {
                m_ShellProcessList = value;
            }
        }

        private static NotifyIcon m_TrayIcon;
        /// <summary>
        /// Gets the programs tray application.
        /// </summary>
        public static NotifyIcon TrayIcon
        {
            get
            {
                return m_TrayIcon;
            }
        }

        private static bool m_UserExitCalled;
        /// <summary>
        /// Gets a value indicating whether the user has called for an Application.Exit
        /// </summary>
        public static bool UserExitCalled
        {
            get
            {
                return m_UserExitCalled;
            }

            set
            {
                m_UserExitCalled = value;
            }
        }

        // TODO: Finish implementation, then use this for real.
        private static ApplicationConfiguration m_ApplicationConfiguration = null;
        /// <summary>
        /// Gets the application configuration
        /// </summary>
        public static ApplicationConfiguration ApplicationConfiguration
        {
            get
            {
                if (m_ApplicationConfiguration == null)
                    m_ApplicationConfiguration = ApplicationConfiguration.LoadConfigSection(@"./settings.config");

                return m_ApplicationConfiguration;
            }
        }


        #endregion

        /// <summary>
        /// The main entry point for the application.
        /// </summary>
        [STAThread]
        static void Main(string[] args)
        {
            if (args.Length > 0)
            {
                if (args[0].ToLower() == "-rmvptr")
                {
                    for (int i = 1; i < args.Length; i++) {
                        try {
                            if (File.Exists(Application.StartupPath + @"\\" + args[i])) {
                                File.Delete(Application.StartupPath + @"\\" + args[i]);
                            }
                        }
                        catch { /* this isn't critical, just convenient */ }
                    }
                }
            }

            Application.EnableVisualStyles();
            Application.SetCompatibleTextRenderingDefault(false);

            SplashForm splashForm = new SplashForm();
            splashForm.Show();

            while (!UserExitCalled)
            {
                Application.DoEvents();
                Thread.Sleep(1);
            }

            if (m_TrayIcon != null)
            {
                m_TrayIcon.Icon = null;
                m_TrayIcon.Visible = false;
                m_TrayIcon.Dispose();

                GC.Collect();
            }
        }

        #region System Tray Management

        public static void SetupTrayIcon()
        {
            m_TrayIcon = new NotifyIcon();
            m_TrayIcon.Text = Resources.UserInterfaceStrings.ApplicationName;
            m_TrayIcon.Visible = false; // This will be set visible when the context menu is generated
            m_TrayIcon.MouseDoubleClick += new MouseEventHandler(m_TrayIcon_MouseDoubleClick);

            if (Orcas.IsInstalled)
            {
                m_TrayIcon.Icon = Orcas.Icon;
            }
            else if (Whidbey.IsInstalled) {
                m_TrayIcon.Icon = Whidbey.Icon;
            }
            else {
                m_TrayIcon.Icon = SystemIcons.Warning;
                m_TrayIcon.Text = "Visual Studio is not installed. VSL cannot run properly.";
            }
        }

        static void m_TrayIcon_MouseDoubleClick(object sender, MouseEventArgs e)
        {
            if (e.Button != MouseButtons.Left)
            {
                return;
            }

            SettingsForm settingsForm = new SettingsForm();
            settingsForm.Show();
        }
        #endregion
    }
}