Как реконфигурировать большую программу для Автоинструментов GNU

Вы наблюдаете поведение, потому что, если символ новой строки не записывается в ID из-за отсутствия места, он остается во входном буфере, который последующие два вызова scanf() не используют из-за того, что строка спецификатора формата не читается белым пространство.

fgets() возвращается при вводе новой строки, и новая строка записывается в буфер. В этом случае вам необходим буфер из 12 символов - для размещения новой строки и нулевого терминатора. Хорошей идеей является также инициализация буфера нулями.

char ID[11] = {0} ;

После fgets() вам может потребоваться заменить символ новой строки на ноль.

Чтобы заменить новую строку на nul или отбросить данные входного буфера, где новая строка остается:

char* end = strrchr( ID, `\n` ) ;
if( end != NULL) 
{ 
    *end = `\0` 
}
else
{
    char c ;
    do
    {
        c = getchar() ;
    } while( c != '\n' && c != EOF ) ;
}