Можно ли предложить какие-либо подсказки/лучшие практики для выполнения SQL Server на экземпляре Amazon EC2?

Использование shell вместо script директивы:

rule all:
    input:
        expand('{sample}_edited.bam'), sample=['a', 'b', 'c']


rule somename:
    input:
        '{sample}.bam'
    output:
        '{sample}_edited.bam'
    shell:
        '''
        cat {input} > python edit_bam.py > {output}
        '''