CJ
из data.table
может помочь вам здесь:
library(data.table)
dna.seq <- 'ATGCN'
# split into components
l = tstrsplit(dna.seq, '', fixed = TRUE)
# replace N with all possibilities
all_bases = c('A', 'T', 'C', 'G')
l = lapply(l, function(x) if (x == 'N') all_bases else x)
# use CJ and reduce to strings:
Reduce(paste0, do.call(CJ, l))
# [1] "ATGCA" "ATGCC" "ATGCG" "ATGCT"
Гибкость для обработки нескольких N
:
dna.seq <- 'ATNCN'
Reduce(paste0, do.call(CJ, l))
# [1] "ATACA" "ATACC" "ATACG" "ATACT" "ATCCA" "ATCCC" "ATCCG" "ATCCT"
# [9] "ATGCA" "ATGCC" "ATGCG" "ATGCT" "ATTCA" "ATTCC" "ATTCG" "ATTCT"
Если вы хотите отбросить data.table
зависимость вы можете заменить tstrsplit
на t(strsplit())
и CJ
на expand.grid
; вы просто пожертвуете вычислительной скоростью.
Основываясь на ответе @IllidanS4, я создал шаблонный класс, который позволяет фактически любой функции членства с предопределенными аргументами и экземпляром класса быть переданной ссылкой для более позднего вызова.
template<class RET, class... RArgs> class Callback_t {
public:
virtual RET call(RArgs&&... rargs) = 0;
//virtual RET call() = 0;
};
template<class T, class RET, class... RArgs> class CallbackCalltimeArgs : public Callback_t<RET, RArgs...> {
public:
T * owner;
RET(T::*x)(RArgs...);
RET call(RArgs&&... rargs) {
return (*owner.*(x))(std::forward<RArgs>(rargs)...);
};
CallbackCalltimeArgs(T* t, RET(T::*x)(RArgs...)) : owner(t), x(x) {}
};
template<class T, class RET, class... Args> class CallbackCreattimeArgs : public Callback_t<RET> {
public:
T* owner;
RET(T::*x)(Args...);
RET call() {
return (*owner.*(x))(std::get<Args&&>(args)...);
};
std::tuple<Args&&...> args;
CallbackCreattimeArgs(T* t, RET(T::*x)(Args...), Args&&... args) : owner(t), x(x),
args(std::tuple<Args&&...>(std::forward<Args>(args)...)) {}
};
Тест / пример:
class container {
public:
static void printFrom(container* c) { c->print(); };
container(int data) : data(data) {};
~container() {};
void print() { printf("%d\n", data); };
void printTo(FILE* f) { fprintf(f, "%d\n", data); };
void printWith(int arg) { printf("%d:%d\n", data, arg); };
private:
int data;
};
int main() {
container c1(1), c2(20);
CallbackCreattimeArgs<container, void> f1(&c1, &container::print);
Callback_t<void>* fp1 = &f1;
fp1->call();//1
CallbackCreattimeArgs<container, void, FILE*> f2(&c2, &container::printTo, stdout);
Callback_t<void>* fp2 = &f2;
fp2->call();//20
CallbackCalltimeArgs<container, void, int> f3(&c2, &container::printWith);
Callback_t<void, int>* fp3 = &f3;
fp3->call(15);//20:15
}
, Очевидно, это будет только работать, если данные аргументы и класс владельца будут все еще допустимы. До удобочитаемости... простите мне.
Редактирование: удаленный ненужный malloc путем создания кортежа нормальным устройством хранения данных. Добавленный наследованный тип для ссылки. Добавленная опция обеспечить все аргументы в calltime вместо этого. Теперь продолжать работать имеющий обоих....
Редактирование 2: , Как обещано, оба. Только ограничение (что я вижу) - то, что предопределенные аргументы должны существовать перед переданными аргументами во время выполнения функции обратного вызова. Благодаря @Chipster для некоторой справки с gcc соответствием. Это работает над gcc на человечности и Visual Studio на окнах.
#ifdef _WIN32
#define wintypename typename
#else
#define wintypename
#endif
template<class RET, class... RArgs> class Callback_t {
public:
virtual RET call(RArgs... rargs) = 0;
virtual ~Callback_t() = default;
};
template<class RET, class... RArgs> class CallbackFactory {
private:
template<class T, class... CArgs> class Callback : public Callback_t<RET, RArgs...> {
private:
T * owner;
RET(T::*x)(CArgs..., RArgs...);
std::tuple<CArgs...> cargs;
RET call(RArgs... rargs) {
return (*owner.*(x))(std::get<CArgs>(cargs)..., rargs...);
};
public:
Callback(T* t, RET(T::*x)(CArgs..., RArgs...), CArgs... pda);
~Callback() {};
};
public:
template<class U, class... CArgs> static Callback_t<RET, RArgs...>* make(U* owner, CArgs... cargs, RET(U::*func)(CArgs..., RArgs...));
};
template<class RET2, class... RArgs2> template<class T2, class... CArgs2> CallbackFactory<RET2, RArgs2...>::Callback<T2, CArgs2...>::Callback(T2* t, RET2(T2::*x)(CArgs2..., RArgs2...), CArgs2... pda) : x(x), owner(t), cargs(std::forward<CArgs2>(pda)...) {}
template<class RET, class... RArgs> template<class U, class... CArgs> Callback_t<RET, RArgs...>* CallbackFactory<RET, RArgs...>::make(U* owner, CArgs... cargs, RET(U::*func)(CArgs..., RArgs...)) {
return new wintypename CallbackFactory<RET, RArgs...>::Callback<U, CArgs...>(owner, func, std::forward<CArgs>(cargs)...);
}