Удаление пустого (нулевой байт) файлы

Или, чтобы сделать его проще (или более сложным, в зависимости от вашей точки зрения):

jq '.organizationalStructure[] |
    select(.key == "level1") | {id: .id}' 

Часто приятно очистить вывод:

jq -r '.organizationalStructure[] |
        select(.key == "level1") | {id: .id}.id'

Согласно предложению PesaThe в комментариях, это может быть упрощено до:

jq -r '.organizationalStructure[] |
    select(.key == "level1").id' 

и {.id: id} могут быть написаны просто {id}