Шаг 1: Создайте читаемые псевдонимы и переместите meta_key -предикаты в JOIN с

Я позволил себе отформатировать ваш запрос для ясности.

Я переименовал псевдонимы и переместил meta_key -предикаты из WHERE в JOIN с:

SELECT
    (SELECT meta_value
        FROM `myprefix_postmeta` as postmeta 
        WHERE 
            postmeta.meta_key = '_sku' 
            AND postmeta.post_id = IM3.meta_value ) AS sku,
    I.order_item_name AS title,
    SUM (IM.meta_value ) AS quantity,
    SUM (IM2.meta_value ) AS total
FROM 
    `myprefix_woocommerce_order_items` AS I
    LEFT JOIN `myprefix_posts` AS posts 
    ON posts.ID = I.order_id
    LEFT JOIN `myprefix_woocommerce_order_itemmeta` AS IM -- Make readable aliases
        ON IM.order_item_id = I.order_item_id 
            AND IM.meta_key = '_qty'   -- Move predicates from WHERE
    LEFT JOIN `myprefix_woocommerce_order_itemmeta` AS IM2 
        ON IM2.order_item_id =   I.order_item_id
            AND IM2.meta_key = '_line_total' -- Move predicates from WHERE
    LEFT JOIN `myprefix_woocommerce_order_itemmeta` AS IM3 
        ON IM3.order_item_id =   I.order_item_id
            AND IM3.meta_key = '_product_id' -- Move predicates from WHERE
WHERE 
    posts.post_type = 'shop_order'
    AND posts.post_status IN
    ( 'wc-completed', 'wc-processing', 'wc-on-hold' )
GROUP BY 
    IM3.meta_value
ORDER BY 
    total DESC

Теперь у нас есть абсолютно эквивалентный запрос.

Давайте посмотрим, что мы можем сделать дальше.

1. 3 LEFT JOIN с myprefix_woocommerce_order_itemmeta с тем же предикатом IM.order_item_id = I.order_item_id выглядит ненужным дублированием
2. Но у нас есть разные предикаты на meta_key

Step 2: Заменить 3 JOIN только одним, заменить JOINed-поля CASE-выражениями

Таким образом, мы можем:

a. Замените 3 СОЕДИНЕНИЯ только одним СОЕДИНЕНИЕМ

b. Замените поля IM / IM2 / IM3 CASE-выражениями

SELECT
    (SELECT meta_value
        FROM `myprefix_postmeta` as postmeta 
        WHERE 
            postmeta.meta_key = '_sku' 
            AND postmeta.post_id = ( -- Substitute meta_value with CASE-expressions 
                    CASE
                        WHEN IM.meta_key = '_product_id' THEN IM.meta_value
                        ELSE NULL
                    END 
                ) -- IM3.meta_value               
            ) AS sku,
    I.order_item_name AS title,
    SUM (
        CASE -- Substitute meta_value with CASE-expressions 
            WHEN IM.meta_key = '_qty' THEN IM.meta_value
            ELSE 0 
        END 
    ) AS quantity
    -- IM2.meta_value ) AS total
SUM ( -- Substitute meta_value with CASE-expressions 
    CASE
            WHEN IM.meta_key = '_line_total' THEN IM.meta_value
            ELSE 0
    END 
) AS total       

FROM 
    `myprefix_woocommerce_order_items` AS I
    LEFT JOIN `myprefix_posts` AS posts 
    ON posts.ID = I.order_id
    LEFT JOIN `myprefix_woocommerce_order_itemmeta` AS IM -- Make readable aliases
        ON IM.order_item_id = I.order_item_id 
            AND IM.meta_key IN ('_qty', '_line_total', '_product_id')
    --         AND IM.meta_key = '_qty'   -- Move predicates from WHERE
    -- LEFT JOIN `myprefix_woocommerce_order_itemmeta` AS IM2 
    --     ON IM2.order_item_id =   I.order_item_id
    --         AND IM2.meta_key = '_line_total' -- Move predicates from WHERE
    -- LEFT JOIN `myprefix_woocommerce_order_itemmeta` AS IM3 
    --     ON IM3.order_item_id =   I.order_item_id
    --         AND IM3.meta_key = '_product_id' -- Move predicates from WHERE
WHERE 
    posts.post_type = 'shop_order'
    AND posts.post_status IN
    ( 'wc-completed', 'wc-processing', 'wc-on-hold' )
GROUP BY 
    (
        CASE
            WHEN IM.meta_key = '_product_id' THEN IM.meta_value
            ELSE NULL
        END 
    ) -- IM3.meta_value    
ORDER BY 
    total DESC

PS

Не очень удобно писать SQL без данных.

И возможно, что этот запрос некорректен для каждой версии mysql.

Поэтому постарайтесь понять принципы, а не просто скопировать и вставить мой код.

Сообщите нам о результатах или проблемах.