Как я могу сохранить измененный образ в MATLAB?

Причина, которую прямоугольник не разоблачает в сохраненном образе, состоит в том, потому что Вы не изменяете переменную im, который хранит данные изображения. Прямоугольник является просто объектом графика, отображенным по нанесенному на график изображению. Необходимо изменить сами данные изображения.

Как правило, чтение изображений в MATLAB загружается как матрица N на М на 3 (т.е. изображение N на M пиксели с RGB (red-green-blue) значения для каждого пикселя). Обычно, данные изображения являются uint8 типом данных, таким образом, диапазон значений RGB от 0 до 255. Если бы Вы хотели изменить значение RGB для данного пикселя, то Вы сделали бы следующее:

im = imread('test.jpg');  % Load a jpeg image
im(1,1,1) = 255;  % Change the red value for the first pixel
im(1,1,2) = 0;    % Change the green value for the first pixel
im(1,1,3) = 0;    % Change the blue value for the first pixel
imwrite(im,'new.jpeg');  % Save modified image

Существуют различные способы, которыми можно изменить больше чем один пиксель за один раз (т.е. прямоугольная область), который потребует, чтобы Вы изучили, как индексировать в многомерные массивы. Для большего количества детали о том, как различные типы изображений читаются в MATLAB (т.е. истинный цвет по сравнению с индексируемым), я проверил бы документацию на imread.

Если Вы хотите сохранить, я, необходимо сначала изменить его значение. Я не знаком с прямоугольной функцией, но можно сделать следующий (грубая сила):

im = imread('image.tif');
im(100:110,100)=0;
im(100:110,110)=0;
im(100,100:110)=0;
im(110,100:110)=0;
imshow(im);
imwrite(im, 'image2.tif');

Отметьте, код выше для полутонового изображения, если Ваше изображение будет изображением RGB, то необходимо будет сделать следующее:

 im(100:110,100,:)=0;
 ....

развитие к ответу jacobko. Установка чисел paperposition и paperunits свойств и единиц оси и свойств положения обычно дает мне желаемые результаты, не имея необходимость настраивать разрешение. Так,

>> im = imread('image.tif');
>> f = figure, imshow(im);
>> r=rectangle('Position',[100, 100,10,10]);
>> set(r,'edgecolor','b') % change the color of the rectangle to blue
>> set(f,'units','centimeters','position',[1 1 2.5 2.5]) % set the screen size and position
>> set(f,'paperunits','centimeters','paperposition',[1 1 2.5 2.5]) % set size and position for printing
>> set(gca,'units','normalized','position',[0 0 1 1]) % make sure axis fills entire figure
>> print(f, '-r80','-dtiff','image2.tif')

Выходное изображение, image2.tif, теперь составит 2.5 см на 2.5 см в разрешении 80 точек на дюйм без границы вокруг оси.

Вы смогли использовать getframe захватить измененное изображение из окна числа. Я думаю, что Вы могли передать cdata и поля карты цветов структуры, возвращенной getframe кому: imwrite как изображение и его карта цветов, соответственно.

close all; clear; clc;

r = 240 ; c = 320;

fig = figure('Visible', 'off');
imshow( zeros(r,c) );
hold on;
plot([c-fix(c/2),c-fix(c/2)],[r-fix(r/2),r-fix(r/2)],'r*', 'MarkerSize', 10 );

% Sets position and size of figure on the screen
set(fig, 'Units', 'pixels', 'position', [100 100 c r] ); 

% Sets axes to fill the figure space
set(gca, 'Units', 'pixels', 'position', [0 0 c+1 r+1 ]);

% Sets print properties; Looks like 1 pixel = (3/4)th of a point
set(fig, 'paperunits', 'points', 'papersize', [fix((c-1)*(3/4))+1 fix((r-1)*(3/4))+1]);
set(fig, 'paperunits', 'normalized', 'paperposition', [0 0 1 1]);

print( fig, sprintf('-r%d', ceil(72*(4/3))), '-dpng', 'image.png' ); 


im = imread( 'image.png');
figure; imshow(im);