Как считать цепочку сертификата Pkcs#7 из файла/потока в C#?

Проблема в том, что Expression.NotEqual здесь:

var parameter = Expression.Parameter(entity.ClrType, "e");
var body = Expression.NotEqual(
    Expression.Call(typeof(EF), nameof(EF.Property), new[] { typeof(DateTime?) }, parameter, Expression.Constant("DeletedAt")),
    Expression.Constant(null));
modelBuilder.Entity(entity.ClrType).HasQueryFilter(Expression.Lambda(body, parameter));

Что в настоящее время делает, так это устанавливает фильтр глобальных запросов (то есть дополнительное условие применяется к всем запросов) аналогично этому (псевдокод):

e => e.DeletedAt != null

, который будет возвращать все мягкие удаленные записи (которых в вашем случае нет), в то время как я предполагаю, что идея заключалась в том, чтобы возвращать не мягкие удаленные записи, т.е. 1110]

e => e.DeletedAt == null

Так что просто измените Expression.NotEqual на Expression.Equal, и проблема будет решена.