Трудно сказать, что здесь происходит. Я предлагаю вам устранить эту проблему, например, составлять трассировки и пытаться выяснить, где тратится время / где происходит блокировка.
Тогда могут возникнуть некоторые проблемы в вашем сценарии, например, создание недолговечных серверных узлов для потоковой передачи данных. Они приведут в равновесие, когда придут или уйдут.
Прежде всего проверьте Вас версия PHP.
Во-вторых, проверьте свои пределы загрузки файла и POST_MAX_SIZE в php.ini
Могло бы просто случиться так, что кто-то пытается загрузить файл, это является слишком большим :-)
Можно ли попробовать различные названия временного файла для предотвращения того, что это было перезаписанным? Можно ли определить источник нового, неправильного и неполного файла?
Действительно ли это - среда разработки? Действительно ли возможно, что больше чем один пользователь загружает файлы одновременно?
Попробуйте свою программу очень маленькими изображениями, чтобы проверить, корректен ли SchizoDuckie о проблемах размера файла.
Попытайтесь различными навигаторами устранить по общему признанию удаленную возможность, что это - локальная проблема.
Проверьте полномочия на каталоге, где временный файл хранится.