Visual Studio - исключения Фильтра из отладки производятся

Использовать левое соединение

  Select a.*,sub.* from application a left  join 
  subscribeapplication sub a.applid=sub.appid and 
  sub.subid=99901

Чтобы получить преимущество от внешнего соединения, вам нужно переместиться туда, где условие условия входит в предложение