Там какой-либо путь состоит в том, чтобы сделать две анимации jQuery выполненными (правильно) одновременно?

nohup записывает вывод в файл, только если он подключен к терминалу. Это не будет иметь место, когда вы вызываете его через exec, поэтому вывод будет записан в стандартный вывод подпроцесса (который вы можете получить через getInputStream). nohup.out нигде не будет создано.