Что такое использование Moq?

Добавление скобок для ясности - отличная идея. Этот вопрос является ярким примером того, почему: Ваш отступ приводит к путанице:)

while (in.findInLine("00-01") == null)  in.nextLine();

Равен (и должен быть преобразован в):

while (in.findInLine("00-01") == null) {
  in.nextLine();
}

Итак, для вопроса :

Итак, как мне интерпретировать

while (in.findInLine("00-01") == null)  in.nextLine();
    in.nextLine();

Ответ:

while (in.findInLine("00-01") == null) {
  in.nextLine();
}
in.nextLine();