Как получить индекс массива или итеративное число с каждым итератором?

Вам нужен подзапрос:

SELECT e.DEPARTMENT_ID, e.FIRST_NAME, e.LAST_NAME
FROM EMPLOYEES e
WHERE e.DEPARTMENT_ID IN (SELECT e1.DEPARTMENT_ID
                          FROM EMPLOYEES e1
                          GROUP BY e1.DEPARTMENT_ID
                          HAVING AVG(e1.SALARY) < 12000
                         )
ORDER BY e.LAST_NAME ASC;