Я получаю LNK2028 при попытке перенести собственный класс C++ с помощью управляемого C++

Без остатка вашего кода, чтобы убедиться, что это работает. Вы должны использовать .merge () . Для v3 метод отличается, это для v4 +.

let rects = svg.selectAll('rect')
    .data(data)

//On update Only
rects.attr('fill', 'black')

//On enter ...
rects.enter()
    .append('rect')
    .style('fill', 'maroon')
    .merge(rects)
    .attr('x', (d, i)=>i*(barWidth+padding))
    .attr('y', d=>height - bar_height(d.value))
    .attr('width', barWidth)
    .attr('height', d=> bar_height(d['value']))

Это объединит вновь добавленные rects с выбором существующих rects и обновит все из них всем, что следует после оператора merge.