Заказ имеет значение: первая загрузка, затем вызов.
(И поместите ваши сценарии перед закрывающим тегом </body>
)
<script type="text/javascript" src="file.js"></script>
<script>
alert("foo" in window); // true
</script>
</body>
Поместите ScrollViewer в свое окно:
<Window x:Class="WpfApplication2.Window1"
xmlns="http://schemas.microsoft.com/winfx/2006/xaml/presentation"
xmlns:x="http://schemas.microsoft.com/winfx/2006/xaml"
Title="Window1" Height="300" Width="300">
<ScrollViewer >
<!-- Window content here -->
</ScrollViewer>
</Window>