Вы должны сосредоточить свой выбор на каждом SVG. Итак, сначала выберите текущий SVG:

const svg = d3.select("#chartnewagain svg")

, затем

svg.selectAll(".nv-label text")
svg.selectAll('.nv-series')

Потому что, когда вы используете d3.selectAll (". Что-то"), вы выбираете все с помощью класса .something ( также выше SVG), и вы не хотите этого.

Надеюсь, это поможет:)

РЕДАКТИРОВАТЬ: Проблема в

 d3.selectAll('.nv-series').each(function(d, i) {
  var group = d3.select(this),
    circle = group.select('circle');
  console.log(circle)  
  var color = circle.style('fill');  // error
...

, потому что, когда вы делаете это в первый раз, тогда '.nv-series' выбирается из первого svg, и все в порядке. Второй раз '.nv-series' выбирается из первого и второго svg, и, поскольку вы уже удалили этот круг в первом, он выдает ошибку, когда вам нужно получить стиль из элемента, который он не может найти с помощью circle = group.select('circle')

const svg = d3.select("#div_id svg")
...
svg.selectAll(".nv-label text")
...
svg.selectAll('.nv-series')
...

для каждого экземпляра