Как точно Вы настраиваете httpOnlyCookies в ASP.NET?

Возможно, вы захотите взглянуть на этот пакет, он не совсем то, что вы ищете, но это альтернатива сортировке и организации разделов вашего приложения, включая контроллер, миграции, модели, представления и другие.

Модули Laravel от Nwidart для разработки модульных приложений с помощью Laravel,

Это помогает организовать ваше приложение в модули, и, таким образом, вы можете создавать миграции в каждом модуле, и так как модули в отдельных папках это помогает решить эту проблему.