Как делают меня правильно Log4j, закрывая весь Appenders и, поэтому, файлы

Инвертировать логическую маску с помощью ~, созданную duplicated и sum для значений счетчика True с (True - процессы, подобные 1):

out = (~df.duplicated(keep=False)).sum()
print (out)
2 

Подробности :

print (df.duplicated(keep=False))
0     True
1     True
2    False
3    False

print (~df.duplicated(keep=False))
0    False
1    False
2     True
3     True
dtype: bool