Экспортируйте make-файл из codeblocks

Ваш сценарий запускает фоновые задания:

kill -9 $process_id  &

DConfigAgent & ## custom application

Вы не перенаправили их ввод-вывод, поэтому сеанс ssh ожидает завершения этих команд.

Не очевидно, почему kill необходимо задокументировать, но другую команду можно задать так:

nohup DConfigAgent </dev/null >/dev/null 2>/dev/null &